Aussi, quand arriva la période révolutionnaire et les idées qu'elle véhiculait, on comprendra mieux que ces structures aient pu être supprimées par la loi de 1791, et remplacées en 1794 par le « Conservatoire de Paris » et ses « succursales » en province, destinés à l'origine à alimenter en instrumentistes les orchestres qui accompagnaient les hymnes révolutionnaires.
Après la Révolution, quelques maîtrises se sont reconstituées de manière ponctuelle, à l'initiative du clergé local. Mais l'Eglise, dépossédée de ses biens (fonciers notamment), avait de la difficulté à entretenir de telles structures, Au moment du Concordat d'abord, puis sous la Restauration ensuite, une partie des biens spoliés fut restituée ou remis à disposition, avec des modalités nouvelles de gestion ou d'occupation. Cela permit d'accueillir les maîtrises dans les lieux où elles existaient.